Lo stesso anno in cui Heisenberg ricevette il premio Nobel, 1933, vide anche l'ascesa al potere del Partito nazionalsocialista tedesco dei lavoratori (Partito nazista). Le politiche naziste escludono i non ariani o i politicamente inaffidabili dal from servizio civile significava il licenziamento o le dimissioni di molti professori e accademici, inclusi, ad esempio, Born, Einstein e Schrödinger e molti studenti e colleghi di Heisenberg a Lipsia. La risposta di Heisenberg fu per lo più interventi silenziosi all'interno del burocrazia piuttosto che aperta protesta pubblica, guidata dalla speranza che il regime nazista o il suo più estremo dimostrazioni non sarebbe durato a lungo.
Heisenberg divenne anche il bersaglio di attacchi ideologici. Un gruppo di fisici affiliati ai nazisti promosse l'idea di un tedesco o ariano fisica , opposto a una presunta influenza ebraica manifestato in approcci matematici astratti, soprattutto relatività e quantistica teorie. Johannes Stark, un leader di questo movimento, usò le sue connessioni con il partito nazista per affermare l'influenza sui finanziamenti alla scienza e sulle decisioni del personale. Sommerfeld aveva a lungo considerato Heisenberg come il suo eventuale successore, e nel 1937 Heisenberg ricevette una chiamata per unirsi al Università di Monaco di Baviera . Allora il giornale ufficiale delle SS pubblicò un articolo firmato da Stark che chiamava Heisenberg un ebreo bianco e l'Ossietzky della fisica. (Il giornalista e pacifista tedesco Carl von Ossietzky, vincitore del Premio Nobel per la pace nel 1935, era stato imprigionato nel 1931 per tradimento per aver riferito degli sforzi segreti di riarmo della Germania, amnistia nel 1932, e poi riarrestato e internato in un campo di concentramento dai nazisti nel 1933.)
Heisenberg, facendo affidamento sulla conoscenza della famiglia di sua madre con la famiglia di Heinrich Himmler, inviò una richiesta al capo delle SS per intervenire in suo favore nell'acquisizione della cattedra a Monaco di Baviera. Himmler, dopo un'indagine, decretò un compromesso: Heisenberg non sarebbe succeduto a Sommerfeld a Monaco, ma gli sarebbero stati risparmiati ulteriori attacchi personali e (essenzialmente) promesso un altro posto di rilievo in futuro. Nel frattempo, Stark e il ariano i fisici stavano perdendo influenza per altre ragioni nel burocratico giungla dello stato nazista, in particolare nella contesto di militarizzazione. In mezzo a questa turbolenza politica, Heisenberg a quanto pare non ha mai preso seriamente in considerazione l'idea di lasciare la Germania, sebbene abbia certamente ricevuto diverse offerte di incarichi universitari negli Stati Uniti e altrove. Apparentemente, era guidato da un forte senso del dovere personale verso la professione e da una lealtà nazionale che (nella sua mente) trasceso la particolare politica del regime.
Nel 1937 Heisenberg sposò Elisabeth Schumacher, figlia di un professore di economia, che aveva conosciuto a un concerto. I gemelli sono nati l'anno successivo, il primo di sette figli per la coppia.
L'obiettivo principale del lavoro di Heisenberg alla fine degli anni '30 erano i raggi cosmici ad alta energia, per i quali propose una teoria degli sciami esplosivi, in cui più particelle venivano prodotte in un unico processo, in contrasto con la teoria della cascata principalmente favorita dai fisici britannici e americani . Heisenberg vedeva anche nei fenomeni dei raggi cosmici possibili prove della sua idea di una lunghezza minima che segnava un confine inferiore del dominio della meccanica quantistica.
La scoperta della fissione nucleare ha spinto il nucleo atomico al centro dell'attenzione. Dopo l'invasione tedesca della Polonia nel 1939, Heisenberg fu chiamato a lavorare per l'Ufficio per le armi dell'esercito sul problema dell'energia nucleare. Dapprima pendolare tra Lipsia e l'Istituto Kaiser Wilhelm (KWI) per la fisica a Berlino e, dopo il 1942, come direttore di quest'ultimo, Heisenberg assunse un ruolo di primo piano nella ricerca nucleare tedesca. Dato il contesto nazista, questo ruolo è stato enormemente controverso. Il gruppo di ricerca di Heisenberg non ebbe successo, ovviamente, nel produrre un reattore o una bomba atomica. Per spiegare, alcuni resoconti hanno presentato Heisenberg come semplicemente incompetente; altri, al contrario, hanno suggerito che ha deliberatamente ritardato o sabotato lo sforzo. È chiaro in retrospettiva che ci sono stati effettivamente errori critici in diversi punti della ricerca. Allo stesso modo, è evidente che il tedesco armi nucleari progetto nel suo complesso non era posseduto dallo stesso grado di entusiasmo che pervase il Progetto Manhattan negli Stati Uniti. Tuttavia, i fattori al di fuori del controllo diretto di Heisenberg avevano un'influenza maggiore sostanziale ruolo nel risultato.
In contrasto con lo sforzo unificato anglo-americano, il progetto tedesco fu burocraticamente fratturato e tagliato fuori dalla collaborazione internazionale. I materiali chiave scarseggiavano in Germania, per non parlare delle dislocazioni diffuse causate dai bombardamenti alleati della rete di trasporti del paese. Inoltre, la prospettiva strategica complessiva ha influito in modo critico sulla definizione delle priorità o sulla de-priorizzazione della ricerca sulla bomba nucleare. Dopo una conferenza del 1942 con gli scienziati dell'Asse, il ministro tedesco per gli armamenti e la produzione bellica Albert Speer concluse che la ricerca sui reattori doveva continuare, ma che era improbabile che qualsiasi bomba fosse sviluppata in tempo per l'uso in guerra. A conferma, l'inizio ufficiale del Progetto Manhattan negli Stati Uniti avvenne anche nel 1942 e, anche con il suo enorme sforzo, non riuscì a produrre una bomba atomica prima della resa della Germania.
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Durante gli anni della guerra, sono sorte controversie anche intorno alle conferenze di Heisenberg in paesi come la Danimarca e i Paesi Bassi. Questi viaggi al di fuori della Germania furono necessariamente effettuati con l'approvazione delle autorità tedesche e quindi furono percepiti dai colleghi nei paesi occupati come indicanti l'approvazione di Heisenberg da parte dei leader nazisti e viceversa. Maggior parte famigerato a questo proposito è stato un viaggio a Copenaghen nel settembre 1941, durante il quale Heisenberg sollevò l'argomento della ricerca sulle armi nucleari in una conversazione con Bohr, offendendo e allarmando quest'ultimo, anche se in seguito Heisenberg affermò che la reazione di Bohr si basava su un malinteso. Il contenuto esatto della conversazione non è mai stato chiarito.
Nel gennaio 1945 il KWI per la fisica fu evacuato nelle città di Hechingen e Haigerloch nella provincia di Hohenzollern (allora enclave prussiana, ora parte dello stato del Baden-Württemberg). Negli ultimi giorni della guerra, Heisenberg andò in bicicletta da lì alla casa di vacanza della sua famiglia in Baviera. Lì fu catturato da una squadra dell'intelligence militare americana e alla fine fu internato con molti altri fisici tedeschi in Inghilterra. Le loro conversazioni dopo la notizia del bombardamento atomico di Hiroshima , il Giappone, inizialmente suggerì che Heisenberg non avesse un chiaro senso di alcuni principi di base della progettazione delle bombe, ad esempio la massa critica approssimativa, ma in pochi giorni aveva risolto molti di questi problemi.
Heisenberg fu rilasciato dalle autorità britanniche nel gennaio 1946 e poco dopo riprese la sua direzione del ricostituito Kaiser Wilhelm, che fu presto ribattezzato Max Planck Institute for Physics, ora a Göttingen. Negli anni del dopoguerra, Heisenberg assunse una varietà di ruoli come amministratore e portavoce della scienza tedesca all'interno della Germania occidentale, un passaggio a un ruolo più apertamente politico che era in qualche contrasto con la sua posizione più apolitica prima del 1945. Nel 1949 Heisenberg divenne il primo presidente del Consiglio tedesco della ricerca, a consorzio della Max Planck Society e delle varie accademie scientifiche della Germania occidentale che cercavano di promuovere la scienza tedesca nell'arena internazionale e di influenzare il finanziamento federale della scienza attraverso il neoeletto cancelliere Konrad Adenauer. Tuttavia, questa nuova organizzazione si scontrò con la più antica, ora ricostituita Associazione di emergenza per la scienza tedesca, il cui approccio conservava il tradizionale primato dei vari stati tedeschi nelle questioni culturali ed educative. Nel 1951 il Consiglio di ricerca si è fuso con l'Associazione di emergenza per formare l'Associazione tedesca di ricerca. A partire dal 1952, Heisenberg è stato determinante nella partecipazione della Germania alla creazione del Consiglio europeo per la ricerca nucleare (CERN). Nel 1953 Heisenberg divenne il presidente fondatore del terzo iterazione della Fondazione Humboldt, un'organizzazione finanziata dal governo che ha fornito borse di studio a studiosi stranieri per condurre ricerche in Germania. Nonostante questi stretti legami con il governo federale, Heisenberg divenne anche un aperto critico delle politiche di Adenauer come uno dei 18 di Göttingen nel 1957; in seguito all'annuncio del governo che stava considerando di dotare l'esercito di armi nucleari (di fabbricazione americana), questo gruppo di scienziati nucleari ha emesso un manifesto protestare contro il piano.
Nel dopoguerra Heisenberg continuò la sua ricerca di a completo teoria quantistica dei campi, utilizzando l'approccio della matrice di scattering (introdotto per la prima volta nel 1942) e tornando alla nozione di lunghezza universale minima come caratteristica chiave. Nel 1958 propose una teoria di campo unificata —le notizie sui giornali si riferivano alla sua formula del mondo—che vedeva come un approccio basato sulla simmetria alla proliferazione delle particelle allora in corso. Tuttavia, il supporto della fisica Comunità era limitato, in particolare con la comparsa del quark modello negli anni '60. Nel 1958 Heisenberg raggiunse finalmente anche l'obiettivo di una posizione accademica a Monaco di Baviera, poiché in quell'anno vi si trasferì l'Istituto Max Planck per la fisica. Heisenberg si ritirò dalla direzione dell'istituto nel 1970.
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